ImageJ – это приложение с открытым исходным кодом, предназначенное для работы с изображениями. В функционал программы входят возможности по редактированию, отображению, анализу, сохранению и обработке 8-, 16- и 32-битных изображений. Написана на языке Java.
ImageJ осуществляет поддержку форматов изображений TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, также позволяет работать с сериями изображений в одном окне. Позволяет вычислять статистические показатели пиксельных значений, площади, измерять углы, расстояния, создавать гистограммы, профили линий. Что касается классических функций обработки изображений, то в ImageJ можно выполнять различные операции между изображениями, управлять контрастностью, резкостью, настраивать сглаживание, задавать медианный фильтр. Также с помощью программы можно осуществлять геометрические операции: масштабирование, отражение, поворот.
В ImageJ можно запускать одновременно неограниченное количество изображений. Позволяет автоматизировать задачи через создание макросов.